L'IFR ILEE est associée à deux écoles doctorales principales :

Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, GéoSciences, HydroSciences, Environnement

Science et procédés biologiques et industriels (SPBI).

Les Unités de l'ILEE accueillent également de manière ponctuelle des doctorants inscrits dans d'autres écoles doctorales.