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L'IFR ILEE est associée à deux écoles doctorales principales :
Systèmes
Intégrés en Biologie, Agronomie, GéoSciences,
HydroSciences, Environnement
Science
et procédés biologiques et industriels (SPBI).
Les Unités de l'ILEE accueillent également de manière ponctuelle des doctorants inscrits dans d'autres écoles doctorales.
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